>  не, в xdg-shell, xdg_toplevel это расширение над xdg_surface (над wl_surface)

И? surface - это одно из понятий базового протокола. В соответствующих расширениях появляются понятия окон, потому что это более высокоуровневая сущность. Как-бы всё логично.

Спасибо за ликбез, конечно, но я в курсе, как это работает.

> А вот в KDE6 сломали xdg_activation.

Ну починят, наверное. Раз у них оно работало. Догадываюсь, что баг где-то ниже по стеку в Qt. KDE не пользуюсь, вообще не в курсе событий.

> Зато в гноме нет панели

Ну как-бы это не точно. Формально, она есть, иначе апплетам было-бы некуда информацию об окнах получать.
Как я понимаю, проблема здесь в том, что действия такие "окно свернуто в панель - мы шёлкаем по трею, чтоб окно развернулось - окно не разворачивается, потому что оно в панели, но если окно закрыть и щёлкнуть по трею заново, то оно откроется". Оно есть такое, потому что окно свёрнуто != окно закрыто и по протоколу, насколько я помню, окна не имеют права выскакивать на передний план сами, если это явно не обозначено событием (короче говоря, нельзя сделать deiconify).

> в Gnome нет такого понятия как трей

Да и трею-то, в общем (если это SNI), пополам чего там в GNOME - это просто интерфейс на DBUS шине.